En la década del 50, con poco más de veinte años, fue uno de los realizadores del programa Selección de Tangos, en la radio montevideana, con el fin de defender las nuevas tendencias tangueras y del grupo El Club de la Guardia Nueva, para organizar recitales en Montevideo de los músicos que estaban revolucionando el tango, como Aníbal Troilo, Horacio Salgán y en especial Ástor Piazzolla, por entonces líder del famoso Octeto Buenos Aires. A partir de entonces Ferrer dirigirá programas radiales de tango por el Sodre, la cadena oficial radial uruguaya.

En la misma época fundó y dirigió la la revista Tangueando, ilustrada y redactada por él mismo. A fines de la década del 50, formó parte una pequeña orquesta de tango como bandoneonista y publicó su primer libro: El Tango: su historia y evolución.

Por pedido de Troilo escribió su primer tango: "La última grela", con música de Ástor Piazzolla. En 1967 escribió "Romancero canyengue", libro de poemas que recitó acompañado por el guitarrista Agustín Carlevaro.

Inmediatamente después inició su famoso trabajo en conjunto con Piazzola, componiendo la operita "María de Buenos Aires", estrenada en 1968 en la Sala Planeta de Buenos Aires, con Héctor de Rosas y Amelita Baltar como cantantes, y el mismo Ferrer en el papel de El Duende, recitando.

Luego, Piazzolla y Ferrer comienzan a componer canciones de tango, de claro contenido social y nueva estética, como el conocido "Chiquilín de Bachín" y "Juanito Laguna ayuda a su madre".

En 1969 componen una serie de tangos con forma de balada, entre las que ser destacó "Balada para un loco", estrenada por Amelita Baltar en el Festival de Tango de Buenos Aires, que produjo un escándalo entre partidarios y opositores del tango moderno. A pesar de perder en una decisión manipulada por los organizadores, el tema se convirtió en un éxito popular inmediato y ha quedado como una de las canciones más representativas de Buenos Aires. Otras canciones escritas por el dúo Piazzolla-Ferrer, en ese momento fueron: "Canción de las venusinas", "La bicicleta blanca" y "Fábula para Gardel", grabadas en el álbum "Astor Piazzolla y Horacio Ferrer en persona".

En 1970 escribió el "Libro del Tango. Arte Popular de Buenos Aires". La edición ampliada de 1980, en tres tomos, de más de dos mil páginas, es una de los estudios más profundos realizados sobre el tango y obra de consulta obligada.

En 1975 compuso con Horacio Salgán el Oratorio Carlos Gardel y letras de tangos con los músicos más renombrados.